Od młodości Thomas Monson pełnił liczne funkcje w Kościele Jezusa Chrystusa Świętych w Dniach Ostatnich. W 1949, w wieku 22 lat, został wyświęcony na biskupa i jako jeden z najmłodszych w historii Kościoła biskupów zarządzał w Salt Lake City ponad tysięczną społecznością wiernych. W latach 1959–1962 kierował misją w Kanadzie (z siedzibą w Toronto). 4 października 1963 został włączony w skład Kworum Dwunastu Apostołów i wyświęcony na apostoła. Ze względu na swoje wykształcenie i doświadczenie zawodowe podejmował liczne zadania związane z publikacjami religijnymi. W pracy misyjnej działał m.in. na rzecz rozwoju Kościoła w Europie, w tym w Niemczech i krajach dawnego bloku wschodniego. Jest autorem kilkunastu książek o tematyce religijnej (część z nich ma charakter wyboru wystąpień publicznych).
W 1985 Monson został powołany przez nowego lidera Kościoła Ezrę Tafta Bensona na drugiego doradcę w Radzie Prezydenta Kościoła;