Organizacja thumb|left|242px|Siedziba synodu waldensów w Torre Pellice Kościół Ewangelicki Waldensów posiada ustrój prezbiterialno-synodalny. Zbory posiadają szeroką autonomię. Same wybierają swoich duchownych i organizują działalność misyjną. Duchownym Kościoła może być zarówno kobieta jak i mężczyzna. Główną instytucją Kościoła Ewangelickiego Waldensów we Włoszech jest synod regionalny złożony z przedstawicieli osób duchownych i świeckich. Do jego kompetencji należy ustalanie polityki kościelnej, a także coroczny wybór siedmioosobowego komitetu wykonawczego Tavola Valdese, któremu przewodniczy moderator Kościoła. Poza synodem regionalnym waldensi organizują również synody ponadregionalne, z udziałem przedstawicieli siostrzanego Kościoła Waldensów z Rio de la Plata, których zadaniem jest ustalanie wspólnej doktryny dla całej wspólnoty waldensów na świecie oraz kwestii organizacyjnych i współpracy ekumenicznej.
Kościół Ewangelicki Waldensów liczy we Włoszech ok. 30 tys. wiernych. Podzielony jest na 137 parafii i ma ok. 130 osób duchownych. Waldensi w krajach Ameryki Łacińskiej zrzeszeni w Kościół Waldensów z Rio de la Plata liczą ok. 15 tys.