Do Służby Celnej powrócił w marcu 2004. W Ministerstwie Finansów zajmował się przeprowadzeniem audytu realizacji Strategii działania polskiej administracji celnej 2004+, a także kierował zespołem projektującym Strategię działania Służby Celnej na lata 2005–2007. Uczestniczył także w projektowaniu zmian struktury organizacyjnej administracji celnej po przystąpieniu Polski do UE. Pod jego kierownictwem powstała Koncepcja kontroli prowadzonej przez Służbę Celną, dokument określający zadania i rolę poszczególnych komórek realizujących zadania kontrolne oraz zależności między nimi.
W sierpniu 2004 został powołany na zastępcę dyrektora Izby Celnej w Szczecinie, gdzie nadzorował pion finansowo-logistyczny. Od grudnia 2005 do marca 2006 pełnił obowiązki dyrektora Izby Celnej w Rzepinie. W marcu 2006 został pełniącym obowiązki dyrektora Izby Celnej w Szczecinie, w sierpniu 2007 w wyniku wygrania konkursu powołano go na stanowisko dyrektora tej izby. W lutym 2008 mianowano go podsekretarzem stanu w Ministerstwie Finansów. Tego samego dnia, po złożeniu przez Jacka Dominika rezygnacji, został także szefem Służby Celnej.