Nie wziął udziału w zjednoczeniu Porozumienia Centrum z Partią Chrześcijańskich Demokratów w 1998 i wraz z grupą innych działaczy kontynuował działalność pod dawną nazwą.
Działalność w latach 2001–2007 thumb|Marszałek Ludwik Dorn prowadzący obrady Sejmu (2007) W 2001 wspólnie z Jarosławem i Lechem Kaczyńskimi oraz grupą współpracowników z PC brał udział w założeniu Prawa i Sprawiedliwości. Został powołany na stanowisko wiceprezesa tej partii. W wyborach parlamentarnych w 2001 uzyskał mandat posła na Sejm IV kadencji w okręgu podwarszawskim. Od grudnia 2002 był przewodniczącym Klubu Parlamentarnego PiS. W wyborach parlamentarnych w 2005 uzyskał reelekcję w tym okręgu. Trzykrotnie w rankingach „Polityki” był zaliczany do grona najlepszych posłów.
31 października 2005 został ministrem spraw wewnętrznych i administracji w mniejszościowym rządzie Kazimierza MarcinkiewiczaPostanowienie Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej z dnia 31 października 2005 r. o powołaniu w skład Rady Ministrów ().. Wkrótce po nominacji na to stanowisko został także powołany na urząd wiceprezesa Rady MinistrówPostanowienie Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej z dnia 21 listopada 2005 r. o zmianie w składzie Rady Ministrów ().. 6 lutego 2007 złożył dymisję z funkcji wicepremiera i ministra.