Po upadku powstania Canaris został wysłany na południe Niemiec w celu zbadania sytuacji, nawiązania współpracy z innymi kontrrewolucjonistami i zorganizowania Einwohnerwehr – oddziałów zbrojnych prawicy bawarskiej. Z podobną misją udał się do Saksonii. Pełnił wówczas funkcję oficera łącznikowego ds. Einwohnerwehr przy Zgromadzeniu Narodowym.
Nie jest jasny związek Canarisa z zabójstwem komunistów Róży Luksemburg i Karola Liebknechta, popełnionym przez żołnierzy Freikorpsu 15 stycznia 1919 roku w drodze z hotelu „Eden” do więzienia w Moabicie. Śledztwo i proces w tej sprawie prowadziły władze wojskowe, a Canaris zasiadał w składzie sędziowskim. Ponadto pomagał w ucieczce skazanym za to zabójstwo, m.in. porucznikowi Kurtowi Voglowi. Po zorganizowaniu ucieczki Vogla (dostarczył mu paszport i pieniądze) Canaris na krótko został umieszczony w areszcie przez władze wojskowe.