W czasie okupacji hitlerowskiej początkowo pracował w gospodarstwie Konary będącym własnością jego ojca, a następnie w latach 1941–1943 działał w Związku Hodowców Bydła Czerwonego Polskiego i w Związku dla Spraw Hodowli ZwierzątZdzisław Kosiek Teodor Edward Marchlewski (1899–1962), [w:] Polski Słownik Biograficzny tom XIX wyd. 1974 s. 547–549.. Potem kierował do końca życia Zakładem Genetyki i Ewolucjonizmu. W 1947 jako prorektor UJ potępiał walkę o przywrócenie niepodległościRyszard Terlecki, Uniwersytet Jagielloński wobec procesu krakowskiego w 1947 roku, „Zeszyty Historyczne WiN-u”, 2002, nr 18.. W latach 1950–1957 był dyrektorem Instytutu Zootechniki w Krakowie. W latach 1949–1952 był czynnym członkiem Polskiej Akademii Umiejętności, a od 1952 członkiem rzeczywistym Polskiej Akademii Nauk, w latach członkiem jej prezydiumCzłonkowie PAN: Skorowidz.. W listopadzie 1949 został członkiem Ogólnokrajowego Komitetu Obchodu 70-lecia urodzin Józefa Stalina„Życie Warszawy”, nr 306 (1808), 6 listopada 1949, s. 1..
W 1927 ożenił się z Ewą Kępianką, miał córkę Annę – żonę profesora i rektora UJ Aleksandra Koja..