Objawy i przebieg W większości (>99,9%) przypadków zachorowanie przebiega bezobjawowo. Okres inkubacji wynosi od 6 do 16 dni. Zapalenie mózgu objawia się niecharakterystycznymi objawami zwiastunowymi przechodzącymi w aseptyczne zapalenie opon i (lub) mózgu. Niekiedy występują zespoły poliopodobne i ze strony przewodu pokarmowego (zwłaszcza u dzieci) oraz objawy dyzuryczne. Objawy mogą ustąpić samoistnie w przeciągu kilku dni, możliwa jest jednak śmierć.

Powikłaniami przebytej choroby mogą być ataksja, parkinsonizm, osłabienie siły mięśniowej, otępienie, zaburzenia psychiatryczne.

Rozpoznanie thumb|Wynik badania na obecność RNA wirusa JE w płynie mózgowo-rdzeniowym czterech pacjentów, badanie RT-PCR z elektroforezą na żelu; pacjenci – linie 1-4; linia P – dodatnia kontrola; linie M – drabinki 100 pz. W diagnostyce JE stosuje się metody serologiczne. W MRI głowy pacjentów z japońskim zapaleniem mózgu obserwuje się obustronne zajęcie wzgórza i pnia mózgu.

Zapobieganie Opracowano skuteczną szczepionkę.

Leczenie Nie ma możliwości leczenia przyczynowego;