Kapituła kolegiacka wygasła w XIX wieku. 27 września 1993 roku ks. Franciszek Macharski ponownie erygował kapitułę, jednocześnie mianując prepozyta, kustosza, penitencjarza i czterech kanoników gremialnych.
Biskup Karol Wojtyła, a późniejszy papież Jan Paweł II, często nawiedzał świątynię. Odprawiał msze święte, wygłaszał rekolekcje i spotykał się ze studentami. Spowiadał wiernych, co zostało upamiętnione przez tabliczkę przytwierdzoną nad kratkami konfesjonału w lewej części kościoła. Prywatnie pielgrzymował do grobu św. Jana z Kęt. W dniach 19–21 grudnia 1960 roku wygłosił w kościele kazania dla narzeczonych pt. Budować dom na skaleKarol Wojtyła, Budować dom na skale. Rekolekcje dla narzeczonych, Rzym-Kraków 2012, s. 13.. Już jako papież odwiedził kolegiatę w niedzielę, 8 czerwca 1997 roku, w ramach VI podróży apostolskiej do Polski.
W 1973 roku świątynia została wpisana do rejestru zabytków.