Działalność polityczna w Holandii We wrześniu 2000 r. otrzymała dyplom ukończenia studiów. W czerwcu 2001 r. podjęła pracę w Instytucie Wiardi Beckmana jako członkini zespołu doradców w politycznym biurze Partii Pracy Wima Koka. Ayaan zajęła się badaniami nad efektami integracji dzieci i wnuków emigrantów w holenderskim społeczeństwie. Po analizie kolejnych aspektów życia społecznego, ogłosiła wnioski – największa liczba bezrobotnych, korzystających z zasiłków, przestępców w Holandii to muzułmanie. Ich słabą integrację Ayaan powiązała z dofinansowaniem przez rząd szkół wyznaniowych (koranicznych).
cyt.: „Holenderski rząd nie powinien finansować szkół koranicznych, ponieważ odrzucały one wartości uniwersalnych praw człowieka. W szkołach tych nie wszyscy są równi. Ponadto nie przestrzega się w nich wolności słowa i sumienia... ... ... Zaniedbywane są przedmioty, które pozostają w sprzeczności z nauczaniem islamu, takie jak ewolucja i seksualność. Nauczanie odbywa się metodą pamięciową, a nie poprzez zadawanie pytań. Wpajana jest także, szczególnie dziewczętom, uległość. Nie wdraża się dzieci do życia w społeczności szkolnej i lokalnej, co powoduje późniejsze trudności integracyjne.”