„Little Rebel” był nietypowy wśród okrętów walczących na Missisipi z uwagi na swój napęd śrubowy (praktycznie wszystkie pozostałe miały napęd kołowy).

Służba w siłach Konfederacji Po przebudowie, „Little Rebel” w kwietniu 1862 wszedł w skład Flotylli Obrony Rzeki (River Defense Fleet) Armii Konfederacji (nie należącej do Marynarki), jako okręt flagowy jej dowódcy komandora (Capt.) J.E. Montgomery’ego. Skierowany z Nowego Orleanu pod Fort Pillow w stanie Tennessee, wziął następnie udział w walkach na Missisipi. Dowodził nim komandor (Capt.) J. White Fowler.

10 maja „Little Rebel” jako okręt flagowy wziął udział w zwycięskiej bitwie Flotylli pod Fort Pillow z kanonierkami pancernymi Unii, aczkolwiek bezpośrednio nie atakował taranem, jedynie ostrzeliwał okręty Unii.

6 czerwca 1862 doszło do bitwy pod Memphis z pancernymi kanonierkami i nowymi taranowcami Unii, przegranej przez Konfederatów. Podczas niej „Little Rebel” usiłował zaatakować taranowiec „Monarch”, lecz bez skutku, za to „Monarch” uszkodził go taranując i zmusił do wyrzucenia się na brzeg po stronie Arkansas, gdzie został następnie zdobyty przez siły Unii.