Thomas Butler (3 Earl of Ormonde) będący kuzynem królowej, zachował wolność, natomiast Gerald Fitzgerald i jego bracia John oraz James zamknięci zostali w londyńskiej Tower.
Aresztowanie przywódców spowodowało oddanie władzy Fitzgeraldów i Desmondów w ręce żołnierza Jamesa Fitzmaurice Fitzgeralda. Fitzmaurice nie miał żadnego interesu w ustanawianiu porządku w Munsterze. Jako katolik, zwolennik kontrreformacji był zawziętym przeciwnikiem angielskiego gubernatora. Chcąc go pokonać i przywrócić władzę Desmondów, planował rebelię przeciwko Anglikom. Wkrótce wsparło go wiele miejscowych klanów (MacCarthy, O'Sullivan, O'Keefe).
Rebelię rozpoczął atak na kolonię angielską w Kerrycurihy (północny Cork) w czerwcu 1569 r. W odpowiedzi Henry Sidney zmobilizował wielką armię składającą się z żołnierzy angielskich oraz przeciwników Fitzgeraldów i Ormondów. Na czele tej armii rozpoczął pustoszenie ziem przeciwnika. Wielu dowódców Fitzmaurice'a opusciło wkrótce szeregi armii, chcąc bronić własnych ziem.
Ostatecznie Sidney zmusił Fitzmaurice'a do wycofania się w rejony wyżynne w hrabstwie Kerry, skąd podejmował on ataki partyzanckie na Anglików. W lutym 1573 r. Fitzmaurice skapitulował i zbiegł opuszczając Kerry.