Także w Genewie powstały jego pierwsze dramaty, w tym wystawiana do dzisiaj komedia Pas vdekjes (Po śmierci). W swoich utworach krytycznie oceniał zwyczaje i tradycje społeczeństwa patriarchalnego. Jest uznawany za jednego z najbardziej znanych pisarzy albańskiego Odrodzenia Narodowego (Rilindja Kombetare). Jeden z utworów – wydaną w 1908 roku tragedię Burri i dheut poświęcił postaci Skanderbega. Dramat Katërmbëdhjetë vjeç dhëndër (Czternastoletni pan młody) pozostał w rękopisie i został wydany po śmierci Çajupiego.
W 1922 wydał antologię poezji włoskiej. Rita Petro w książce Vrima przedstawiła Çajupiego jako pioniera albańskiej poezji erotycznejPenisi i Andon Zako Çajupi apo Vrima e Rita Petros?. Był tłumaczem bajek La Fontaine'a na język albański (ukazały się w 1921).
Zmarł w Egipcie, w 1958 jego szczątki przeniesiono do Albanii. Jego imieniem nazwano działający w Korczy teatr oraz gimnazja w Tiranie i w Prisztinie. Imię Çajupiego nosi także jedna z ulic w Kamzie i w południowo-zachodniej części Tirany. W 1966 Marianthi Xhako nakręciła film dokumentalny Çajupi.
W życiu prywatnym był żonaty (żona Evgjenia zm.