Tego samego dnia został sekretarzem CKW PPS, zajmując się w kierownictwie partii polityką gospodarczą, był też referentem w sprawie działalności gospodarczej na XXVII Kongresie PPS we Wrocławiu w dniach 14–17 grudnia 1947, na którym wszedł ponownie do Rady Naczelnej i CKW. Od 11 stycznia 1948 do utworzenia Polskiej Zjednoczonej Partii Robotniczej wchodził w skład Komisji Politycznej CKW PPS, stanowiącej ścisłe kierownictwo partii. Należał do grupy „centrowej”, która z czasem przeszła na pozycje lewicy i opowiedziała się za koncepcją budowy „socjalizmu” głoszoną przez Polską Partię Robotniczą i uczestniczył w „kampanii zjednoczeniowej”. Obok Józefa Cyrankiewicza i 8 innych działaczy był wnioskodawcą uchwalonej 17 września 1948 deklaracji CKW PPS, która z kolei stała się podstawą uchwały RN obradującej w dniach 18–22 września 1948, która wysoce krytycznie oceniając przeszłość PPS w ogóle, a także politykę i taktykę wielu działaczy PPS, spowodowała restrykcje organizacyjne wobec licznych pepeesowców, a innych spośród nich odepchnęła od PZPR. Na Radzie tej Adam Rapacki był znów referentem w sprawach polityki gospodarczej PPS, krytykując ją z pozycji bliskich lub identycznych, jakie zajmowało ówczesne kierownictwo PPR (Bolesław Bierut, Hilary Minc i inni).