W starożytności Meglena, zwana wówczas Almopią, stanowiła jedną z siedemnastu prowincji Królestwa Macedonii. W VI-VII wieku zasiedliło ją słowiańskie plemię Sagudatów. Istniała tu wtedy twierdza Meglena, stolica biskupia. Po opanowaniu kotliny przez Bułgarię w 927 przez pewien czas miał tu siedzibę patriarcha presławski. Po bitwie pod Klidion w 1014 kotlinę z twierdzą opanowało Bizancjum. Osadzono tu wówczas Syryjczyków, Ormian i Pieczyngów. W 1203 Bułgaria odzyskała kotlinę. Twierdza Meglena została całkowicie zburzona podczas okupacji tureckiej.
W 1759 bułgarska i wołoska ludność wsi Notia przyjęła islam. Stolicę biskupią przeniesiono do Floriny. W XIX wieku Meglena była podzielona między kazę wodeńską, enidżewardarską i gewgelijską. Po pierwszej wojnie bałkańskiej w 1912 kotlina przypadła Grecji. Podczas I wojny światowej przez kotlinę przebiegała linia frontu bałkańskiego; kilka wsi zostało całkowicie zniszczonych, ich mieszkańcy uciekli na tereny opanowane przez Bułgarię. W okresie międzywojennym część miejscowych Wołochów wyemigrowała do rumuńskiej Dobrudży.