W 1768 roku stacjonujący w Bochni konfederaci barscy ufundowali do kościoła nowy ołtarz główny, wykonany w latach 1770–1772 przez snycerza i malarza religijnego Piotra Korneckiego z Gdowa. W 1777 roku, dzięki uzyskanej subwencji z dochodów kopalni soli, kościół został odrestaurowany i zyskał od strony południowej Kaplicę Matki Boskiej.
W XIX wieku dobudowano do kościoła kruchty północną i południową, skarbczyk nad zakrystią oraz neogotycką sygnaturkę projektu Marcina Borelowskiego. W latach 1901–1906, pod kierunkiem architekta Jana Sas-Zubrzyckiego dokonano regotycyzacji kościoła.
W 1997 roku kościół uzyskał tytuł bazyliki mniejszej nadany przez papieża Jana Pawła II. W 2003 roku przy kościele erygowana została kapituła kolegiacka, zaś sam kościół został podniesiony do godności kolegiaty.
Architektura i wyposażenie wnętrza Bazylika św. Mikołaja jest gotyckim kościołem trójnawowym, częściowo przekształconym w okresie późnego baroku. Późnogotycka fasada z przełomu XV i XVI wieku, podparta dwoma przyporami, zwieńczona jest szczytem schodkowym i ozdobiona blendami i fryzem rombowym. Nie znajduje ona odpowiednika w architekturze Małopolski i powstała prawdopodobnie pod wpływem Saksonii.