W 1969 r. zrealizował krótkometrażowe Zarządzenie przeciw fanatykom, pełną czarnego humoru, stylizowaną na dokument opowieść o ludziach zaślepionych swoimi pasjami. Było to też przenikliwe studium X muzy, tego, jakie emocje wyzwala spotkanie człowieka z kamerą i możliwość opowiadania przez niego o swoich problemach. W tym samym roku nakręcił także dokument, tym razem bardziej zaangażowany w problemy społeczne. Latający lekarze z Afryki Wschodniej to opowieść o niemieckich lekarzach niosących pomoc w Afryce, którzy przemieszczali się latającym ambulansem. Film pokazał, że Europejczycy patrzą przez pryzmat swojej kultury na społeczności afrykańskie, co jest przyczyną konfliktów i braku zrozumienia.
Kolejny film fabularny Nawet karły były kiedyś małe (często mylnie kwalifikowany w Polsce jako dokument), zrealizowany w 1970 r. był sprzeciwem wobec pustej rewolucji kulturalno-społecznej, jaka przetoczyła się na zachodzie Europy dwa lata przed realizacją przez Herzoga tego filmu.