Kolonialny Windhuk powstał w dniu 18 października 1890 roku, kiedy von François położył kamień węgielny pod fort, który jest obecnie znany jako Alte Feste (Stary gród). Po 1907 roku rozwój miasta przyspieszył poprzez migrację rdzennych mieszkańców ze wsi do rosnącego miasta w poszukiwaniu pracy. Coraz więcej europejskich osadników przybywało z Niemiec i Republiki Południowej Afryki. Zostały założone firmy na Kaiser Street (obecnie Alei Niepodległości) wzdłuż grzbietu górskiego dominującego nad miastem. W tym czasie w Windhuk zostały wybudowane trzy zamki: Heinitzburg, Sanderburg i Schwerinsburg.
Niemiecka epoka kolonialna dobiegła końca podczas I wojny światowej, gdy wojska południowoafrykańskie zajęły Windhuk w maju 1915 roku w imieniu Imperium Brytyjskiego. W ciągu następnych pięciu lat, południowoafrykański rząd wojskowy administrował Afryką Południowo-Zachodnią. Obszar ten został przydzielony do Wielkiej Brytanii jako terytorium mandatowe przez nowo-utworzoną Ligę Narodów, a Afryka Południowa administrowała nim. Rozwój miasta zatrzymał się.