W 2000 roku Péreza wykupiła FC Barcelona, jednak w barwach „Katalończyków” Alfonso nie potrafił wywalczyć sobie miejsca w podstawowym składzie. W sezonie 2000/2001 zanotował 17 występów w Primera División i zdobył tylko 2 gole. Kolejne rozgrywki również rozpoczął jako rezerwowy i w styczniu 2002 roku został wypożyczony do francuskiego Olympique Marsylia. Tam wystąpił w 11 pojedynkach i 4 razy udało mu się wpisać na listę strzelców.
Latem 2002 roku Alfonso powrócił do Barcelony, która sprzedała go do Realu Betis. Hiszpan spędził tam ostatnie 3 lata swojej kariery strzelając 10 goli w 45 meczach.
Kariera reprezentacyjna Jako zawodnik Realu Madryt Alfonso występował w młodzieżowych reprezentacjach Hiszpanii do lat 19 i 21. Latem 1992 roku wystąpił na Igrzyskach Olimpijskich w Barcelonie, na których razem z drużyną narodową wywalczył złoty medal pokonując w finale Polskę. Oficjalny debiut w reprezentacji Hiszpanii Alfonso zanotował 9 września 1992 roku w zwycięskim 1:0 towarzyskim meczu przeciwko Anglii. Następnie razem z zespołem narodowym dotarł do ćwierćfinału Euro 1996, a na turnieju strzelił 1 bramkę w meczu grupowym z Bułgarią. W 1998 roku wystąpił na Mistrzostwach Świata we Francji, gdzie Hiszpanie odpadli już w rundzie grupowej.