Dodatkowo, zielony wątek może blokować wszystkie inne wątki, jeśli dokonuje blokującej operacji I/O. Aby zapobiec temu problemowi, zielone wątki muszą używać asynchronicznych operacji I/O, co komplikuje ich implementację, oraz zwiększa ich czas reakcji.
Stworzone w przestrzeni użytkownika zielone wątki są lżejsze od natywnych, ale jako że implementują formę wielozadaniowości, błędy implementacyjne w programach używających wątków mogą powodować nieoczekiwane zakończenie działania.
Zielone wątki w wirtualnej maszynie Javy W Javie 1.1, zielone wątki były jedynymi dostępnymi, przynajmniej na systemie Solaris. Ponieważ zielone wątki posiadają pewne ograniczenia w stosunku do natywnych, w następnych wersjach Javy ustąpiły im miejsca.
Wyjątkiem jest wirtualna maszyna Squawk, która jest połączeniem systemu operacyjnego (dla niskopoziomowych urządzeń) oraz wirtualnej maszyny Java. Zielone wątki są tu używane w celu zminimalizowania ilości natywnego kodu i obsługi migracji tego, co jest izolowane (poprzez odpowiedni interfejs).