W systemie tym nazwa hydrofity odnosi się wyłącznie do roślin innych niż planktoniczne i mających organy przetrwalne zanurzone stale w wodzie. W takim ujęciu rośliny błotne (helofity), o pączkach zimujących w ziemi są uznane za geofity, a nie hydrofity. Również kryterium tego nie spełniają wodne rośliny jednoroczne (terofity), jako niewytwarzające organów przetrwalnych innych niż zarodniki czy owoce, np. salwinia pływająca czy uczep.
Budowa Korzenie Korzenie hydrofitów odgrywają rolę mocującą w przypadku roślin zakorzenionych, z reguły są krótsze i słabiej rozgałęzione, niż u roślin lądowych. Często pozbawione są włośników, a zamiast czapeczki korzeniowej wykształcają się tzw. kieszenie lub pochewki korzeni. Częsty u hydrofitów silnie rozwinięty system przewietrzający tworzony przez miękisz powietrzny sięga do korzeni, umożliwiając dostarczenie do korzeni tlenu, którego dostępność pod powierzchnią wody jest ograniczona (np. u kłoci wiechowatej przestwory powietrzne stanowią 60% objętości korzeni). Dostarczanie tlenu do korzeni i przenikanie części tego gazu do środowiska przez korzenie odgrywa istotną rolę dla funkcjonowania ryzosfery w warunkach anaerobowych na dnie zbiorników.