2 grudnia ESA zakomunikowała decyzję o rezygnacji z dalszych prób nawiązania kontaktu z sondą.
Z powodu rosnącego oporu atmosferycznego, 15 stycznia 2012 roku ok. godz. 17:45 UTC sonda weszła w gęste warstwy atmosfery i spłonęła nad południowym Pacyfikiem, ok. 1250 km na zachód od wyspy Wellington.
Całkowity koszt misji Fobos-Grunt szacowany jest na ok. 5 mld rubli (ok. 165 mln USD).
Przyczyny awarii 3 lutego 2012 r. Roskosmos ogłosił główne wnioski komisji powołanej do zbadania przyczyny awarii sondy Fobos-Grunt. Potwierdzono, że podczas pierwszych dwóch orbit lot sondy przebiegał zgodnie z planem. Następnie w wyniku sytuacji awaryjnej sonda przerwała program lotu i przeszła w stan awaryjny, w którym utrzymywała stałą orientację w stosunku do Słońca i oczekiwała na komendy z Ziemi w paśmie X. Konstrukcja sondy umożliwiała jednak łączność w tym paśmie dopiero po opuszczeniu orbity wokółziemskiej, w fazie przelotu do Marsa. Po 24 listopada włączony na stałe nadajnik doprowadził do zachwiania bilansu energii na pokładzie sondy. Do 29 listopada zostały wyczerpane baterie pokładowe i awaryjna bateria chemiczna, co spowodowało utratę kontroli nad orientacją sondy.