wskutek upadku Petraeus złamał miednicę. W 2001 został awansowany na stopień generała dywizji (ang. Major General).
W latach 2001–2002 Petraeus odbył dziesięciomiesięczną służbę w Bośni i Hercegowinie w ramach operacji Joint Forge, gdzie był asystentem szefa sztabu SFOR ds. operacji i zastępcą dowódcy U.S. Joint Interagency Counter-Terrorism Task Force, które to stanowisko stworzono po atakach z 11 września, by zwiększyć zdolność przeprowadzania działań antyterrorystycznych przez amerykańskie siły działające w ramach sił NATO w Bośni. W maju 2004 Petraeus został awansowany do stopnia generała broni (ang. Lieutenant General), a w lutym 2007 do stopnia „pełnego” generała.
Zaangażowanie w Iraku thumb|Generałowie David Petraeus (po prawej) i William S. Wallace w Kuwejcie; gen. Wallace przemawia do żołnierzy 101 DPD, marzec 2003 thumb|Generałowie David Petraeus i Peter Schoomaker podczas patrolu w Mosulu, sierpień 2003 thumb|Przesłuchanie gen. Davida Petraeusa przed senacką Komisją ds. Sił Zbrojnych w ramach procedury nominacji na dowódcę MNF-I, styczeń 2007 thumb|Generałowie George Casey i David Petraeus podczas ceremonii przekazania dowództwa nad MNF-I, luty 2007 thumb|Gen.