Loty transatlantyckie z Anglii po trzech miesiącach z powodu wybuchu wojny wstrzymano.
Po wybuchu II wojny światowej dziewięć maszyn przekazano siłom zbrojnym USA. Jedna z nich, Dixie Clipper, w styczniu 1943 wiozła prezydenta Roosevelta na konferencję w Casablance. 22 lutego 1943 Yankee Clipper rozbił się w Lizbonie. Wypadek pociągnął za sobą dwadzieścia cztery ofiary śmiertelne i był jedynym w historii tego modelu samolotu.
Trzy maszyny, których linie Pan American nie przekazały lotnictwu wojskowemu, trafiły do rąk Brytyjczyków i również były wykorzystywane do przewożenia przez Atlantyk ważnych osobistości. Dwiema z nich – Berwickiem i Bristolem latał Winston Churchill.
Zaletą łodzi latających było wówczas to, że nie potrzebowały bardzo kosztownych, długich, betonowych pasów startowych. Jednak podczas wojny w wielu częściach świata zbudowano właśnie takie pasy, dostosowane do wymagań ciężkich bombowców, tym samym ta cecha hydroplanów przestała mieć znaczenie.
Po wojnie eksploatacja B-314 okazała się nieopłacalna i samoloty jeden po drugim były kierowane do kasacji. Nie ocalał ani jeden egzemplarz. Ostatni wycofano ze służby w 1951 kończąc ważną erę w rozwoju lotnictwa i komunikacji lotniczej.