Wśród swoich współpracowników Siwiński nie miał jednak dobrej opinii. Zdaniem Adolfa Pieńkowskiego pozbawiony był zdolności, leniwy, skłonny do pokrywania bezczynności gadulstwem („dużo mówi, nic nigdy nie robi”). Józef Kajetan Janowski zarzucał Siwińskiemu dyletanctwo w zakresie polityki i ekonomii, z kolei Walery Przyborowski wskazywał na zbyt „miękką, wrażliwą, prawie kobiecą naturę” Siwińskiego. W tej sytuacji niebawem stracił on stanowisko szefa Wydziału Prasy, chociaż pozostał aktywny na tym samym polu – jako referent w Departamencie Prasy od lipca 1863. Tu z jego inicjatywy powstał oficjalny, tajny organ Rządu Narodowego „Niepodległość. Dziennik polityczny, ekonomiczny i naukowy”, którego pierwszy numer z 14 lipca 1863 otworzył artykułem wstępnym. W kolejnych numerach pisma przekazywał relacje z walk, korzystając z korespondencji komórek powstańczych. Do współpracy nakłonił swojego ucznia z Kursów Przygotowawczych, Aleksandra Kraushara.