Po utworzeniu osobnego powiatu nakielskiego, stało się ono siedzibą dwóch sądów szlacheckich: ziemskiego i grodzkiego, które funkcjonowały do rozbiorówM. Pawlikowski, Sądownictwo grodzkie w przedrozbiorowej Rzeczypospolitej, Strzałków 2012, tenże, Sądownictwo ziemskie w przedrozbiorowej Rzeczypospolitej, Strzałków 2012.. Nakło następnie wchodziło w skład prowincji wielkopolskiej Korony Królestwa Polskiego Rzeczypospolitej Obojga Narodów. Po rozbiorach znajdowało się w zaborze pruskim.
Budowa kanału bydgoskiego oraz ukończenie w 1851 roku jednej z pierwszych linii kolejowych na ziemiach polskich przyczyniły się do rozwoju gospodarczego miasta.
W Nakle nad Notecią mieszkali Ignacy i Józef Oborscy, którzy, dzięki rozległym kontaktom w Wielkim Księstwie Poznańskim i Prusach Zachodnich, w połowie XIX w. zajmowali się rozprowadzaniem wśród ziemiaństwa i oficjalistów druków socjalistycznej Gromady Rewolucyjnej Londyn. Po wojnie krymskiej policja pruska podjęła przeciw nim śledztwo. W 1858 r. bracia Oborscy skupili wokół siebie grupę zwolenników, lecz próby podjęcia współpracy z Karolem Libeltem, Aleksandrem Guttrym i Władysławem Niegolewskim nie powiodły sięS. Kalembka, Wielka Emigracja. Polskie wychodźstwo polityczne w latach 1831–1862, Warszawa 1971, s.