Po 1618 nastąpiła barokizacja wystroju wnętrza, zbudowano gotycyzujące sklepienie w nawie głównej i nową trójboczną apsydę, przekształcono okna (Christoph Wamser). Wykonano malowidła ścienne i sklepienne ze scenami z życia Marii, św. Benedykta i św. Scholastyki. Później pojawiły się dalsze elementy wystroju. Po runięciu 1757 bocznych wież, odbudowano je w mocno obniżonej formie, środkowa otrzymała barokowy hełm, a przedsionek zachodni całkowicie rozebrano.
Podczas trwającej od 1794 francuskiej okupacji miasta w 1803 nastąpiła kasata klasztoru, a kościół zamieniono na stajnię. thumb|250px|Telegraf optyczny na wieży kościoła, ok. 1832 Po przyłączeniu 1815 do Prus został ewangelickim kościołem garnizonowym (okresowo służącym jednak również żołnierzom-katolikom), a na wieży zainstalowano telegraf optyczny zapewniający szybką łączność z Berlinem. W latach 1890–1892 zrobiono rekonstrukcję westwerku w duchu romańskim (skracając jednak odbudowany przedsionek). Po I wojnie światowej i demilitaryzacji Nadrenii ewangelicy zamienili obszerną świątynię na mniejszy kościół kartuzów i kościół św. Pantaleona stał się katolickim parafialnym.