Rozwój został zahamowany w połowie XVII w. na skutek wojen ze Szwedami i z wojskami Chmielnickiego a panujące wówczas epidemie przetrzebiły mieszkańców miasta. Walki o sukcesję po zmarłym w 1665 III ordynacie zamojskim Janie pogorszyły tylko sytuację; w 1676 starosta jasielski Tomasz Brodecki splądrował miasto. W tym czasie w Tomaszowie jednak stale przybywało ludności żydowskiej. Pod koniec XVII w. Żydzi stanowili już około 50% ludności. Trudnili oni się głównie handlem.
W II połowie XVIII w., w wyniku I rozbioru Polski w 1772 r., Tomaszów znalazł się przejściowo pod jurysdykcją austriacką (zaborem). Miasto zostało w dużej mierze zniszczone na skutek pożaru, który wybuchł w 1775. Pod koniec XVIII w. Andrzej Zamoyski i jego syn Aleksander próbowali poprawić ekonomiczną kondycję dóbr ordynacji zamojskiej. W latach 1794–1830 w Tomaszowie istniała znana wytwórnia fajansów. W czasie, gdy trwały wojny napoleońskie, miasto zostało wyzwolone w 1809 roku i znalazło się na pewien czas w obszarze Księstwa Warszawskiego, a po kongresie wiedeńskim z lat 1814/1815 – w Królestwie Kongresowym pod panowaniem Imperium Rosyjskiego. Wskutek ostatniego zmieniły się również granice zaborów i Tomaszów znalazł się na terytorium zaborcy rosyjskiego w 1815 roku.