Okres okupacji był dla Janowa i jego mieszkańców tragicznym doświadczeniem. We wrześniu 1939 r. w wyniku trzykrotnych bombardowań, zginęło ok. 350 osób, 85% miasta uległo spaleniu. 28 września 1939 roku siły polskiego odbiły Janów z rąk Niemców, którzy zajęli miasto ponownie 6 października.
Przejawami terroru były masowe aresztowania w latach 1940–1941 oraz masowe egzekucje ludności żydowskiej. W 1940 r. okupanci uruchomili karny obóz pracy, istniejący do 1943 r. W mieście i okolicy działały struktury VI Rejonu Armii Krajowej. Ich komendantem w 1944 r. był por. Józef Biss ps. „Wacław”. 26 lipca 1944 roku Janów został zajęty przez wojska radzieckie z udziałem oddziałów AL. W kwietniu 1945 r. oddziały AK uwolniły więzione w Janowie przez UB, uczestniczki powstania warszawskiego. Janów wyszedł z wojny ogromnie zniszczony. Liczba ludności spadła prawie o połowę.
Historia współczesna thumb|Caterpillar w Janowie Lubelskim (ul. Lubelska 66) W 1956 roku Janów Lubelski został ponownie siedzibą powiatu jednak efekty rozwoju można było zauważyć dopiero pod koniec lat sześćdziesiątych. Uruchomiono wiele zakładów: Fabrykę Maszyn, zakład odzieżowy Gracja, Zakład Produkcji Leśnej Las itp.