Uczestniczył też z ramienia króla w wyprawie pod Gdańsk i do Moskwy poświęcając swe życie ojczyźnie. Największe uznanie zdobył u króla Zygmunta III Wazy. Za działalność kontrreformacką otrzymał podziękowanie od Stolicy Apostolskiej. Po porady przyjeżdżano do niego z Włoch, z Francji i Hiszpanii.
Fundacje Andrzej Bobola wspierał uboższych członków rodu i własnym kosztem wykształcił, w uniwersytetach paryskim i rzymskim, późniejszego biskupa krakowskiego i kanclerza wielkiego koronnego – Jakuba Zadzika. W 1615 r. wypłacił na założony w Grójcu przez Piotra Skargę szpital dla ubogich 3000 złp. i „opatrzenie dla niego z wsi Sadków i Wólka Sadkowska - w ówczesnej ziemi Czerskiej, w powiecie Grójeckim”. Gorliwie zabiegał o otwarcie jezuickiego domu profesów w Warszawie i przy kościele św. Barbary w Krakowie, a gdy starania te uwieńczył pożądany skutek, łożył wiele na ich utrzymanie.
Umożliwił odbudowę, zrujnowanego przez pożar, domu nowicjatu w Wilnie. Znienawidzony przez opozycję, protektor jezuitów i współfundator klasztoru Jezuitów w Krośnie. Na kolegium w tym mieście przeznaczył 6000 złp.
Był też fundatorem kościoła Jezuitów w Warszawie, gdzie później jego brat Wojciech Bobola umieścił tablicę i popiersie zmarłego. Upamiętniony w Pilźnie w 1616 r.
Miał też kuzyna ks. Andrzeja Bobolę z Dubiecka proboszcza w l.