Inną roślinę, podobnie nazwaną (Santalum freycinetiana), a będącą odmianą sandałowca, odkrył na Hawajach.
W drodze powrotnej statek zatrzymał się w Sydney w Australii, gdzie Gaudichaud-Beaupré miał sposobność spenetrować pasmo Gór Błękitnych i zebrać wiele ciekawych okazów flory. Po rozbiciu się Uranie na wyspach falklandzkich w lutym 1820 r. uratował większość swej kolekcji tropikalnych roślin, a nim załoga - po kilku miesiącach - została uratowana przez przepływający amerykański statek, zdołał zebrać kilkaset okazów lokalnej flory falklandzkiej, co opisał w wydanej w 1825 r. książce Flora des îles Malouines (Flora wysp Malwiny). Sprawozdanie z całej wyprawy na pokładzie Uranie ukazało się w roku następnym.
Gdy w roku 1828 został członkiem korespondentem Francuskiej Akademii Nauk Gaudichaud-Beaupré wziął udział w kolejnej ekspedycji (1830–1832) na pokładzie Herminie do Ameryki Południowej, gdzie badał florę w BrazyliiGłównie w Mato Grosso, Chile i Peru i zebrał ponad 3000 eksponatów dla Muzeum Historii Naturalnej w Paryżu. W latach 1836–1837, wraz z zoologiem Fortuné Eydoux'em, uczestniczył w ostatniej swej wyprawie na Pacyfik na statku Bonité pod rozkazami Auguste'a Nicolasa Vaillanta.