Wojna secesyjna Po wybuchu wojny secesyjnej, początkowo Porter służył w 1861 r. w Eskadrze Zatoki Meksykańskiej Marynarki USA (Gulf Squadron), dowodząc w stopniu komandora porucznika bocznokołową fregatą USS „Powhatan”. W kwietniu 1862 wziął udział w ekspedycji na Missisipi, przeciw Nowemu Orleanowi, dowodząc flotyllą 20 małych szkunerów uzbrojonych w ciężkie moździerze do ostrzeliwania umocnień nadbrzeżnych. Jego okrętami flagowymi w tym okresie były kanonierki USS „Octorara” i USS „Harriet Lane”, na której przyjął kapitulację fortów Jackson i St. Philips pod Nowym Orleanem. Brał udział w dalszych działaniach na Missisipi do lipca 1862, kiedy został ze swoją flotyllą szkunerów skierowany na wody zatoki Hampton Roads w celu wsparcia wojsk w Virginii. 15 października 1862 powierzono mu dowództwo całej Eskadry Missisipi (Mississippi River Squadron), w stopniu tymczasowego kontradmirała. Dowodził nią podczas dalszej kampanii na Missisipi przeciw Vicksburgowi w latach 1862-1863. Jego okrętem sztabowym była wówczas kanonierka USS „Black Hawk”. W marcu 1863 osobiście dowodził nieudaną ekspedycją mającą na celu wpłynięcie na rzekę Yazoo z Missisipi przez rozlewiska Steele. W kwietniu 1863 dowodził działaniami flotylli pod Grand Gulf na Missisipi. W maju 1863 dowodził rajdem w górę rzeki Red.