Alpinarium – na 6000 m² zgromadzono ok. 1600 taksonów roślin z różnych pasm górskich stref od umiarkowanej po subarktyczną oraz ze strefy subantarktycznej. Okazy prezentowane są w układzie geograficznym oraz ekologicznym. Najbogatsza jest kolekcja roślin Karpat, a w szczególności Tatr. Zawiera ona ok. 350 taksonów ze stanowisk naturalnych, w tym wiele endemitów. Jest to jedno z najbogatszych alpinariów w Europie.
Dział roślin wodnych i bagiennych – zgromadzono tu około 120 gatunków roślin wodnych i szuwarowych.
Dział roślin rzadkich i ginących – na 0,25 ha znajdują się dwie kwatery: północna, z warunkami odpowiadającymi mezofilom rosnących w siedliskach umiarkowanie wilgotnych oraz wilgotnych zawierającymi 87 populacji reprezentujących 75 gatunków. Kwatera południowa stwarza dogodne środowisko do uprawy kserofitów reprezentowanych przez 82 populacje z 55 gatunków. Zbiór ten umożliwia zachowanie w warunkach ex situ, rozmnażanie i reintrodukcję wybranych roślin.
Od 1925 ogród wydaje Index Seminum (od 2008 tylko w wersji elektronicznej), który jest spisem nasion zaproponowanych do wymiany z innymi placówkami. Wymiana prowadzona jest z ok. 400 ogrodami botanicznymi i arboretami z 58 państw ze wszystkich kontynentów.