Od roku 1984 klub napotkał wiele trudności, prowadzących do bankructwa w roku 2002. Choć w sezonie 2001/02 klub zajął 10. miejsce, z powodów finansowych nie odnowiono licencji zawodowej, przez co zdegradowano RWD Molenbeek do trzeciej ligi (Derde klasse). Klub w sezonie 2002/03 nie wziął udziału w trzecioligowych rozgrywkach, a 22 sierpnia 2002 doszło do fuzji klubu z mającym swą siedzibę w pobliżu Brukseli klubem KFC Strombeek. Połączony klub o nazwie Football Club Molenbeek Brussels Strombeek rozgrywał swoje mecze na stadionie klubu Molenbeek. Grający w drugiej lidze klub w 2004 roku awansował do pierwszej ligi.
W tym samym okresie grupa kibiców, która nie pogodziła się z likwidacją klubu, w roku 2003 odtworzyła klub zwany RWD Molenbeek. Nowy klub rozpoczął od najniższej ligi, czyli czwartej ligi brabanckiej (a więc ósmej belgijskiej). W 2006 roku klub ten awansował do pierwszej ligi brabanckiej (piąta belgijska).
Reaktywowany w 2003 RWD Molenbeek oficjalnie nie jest uznawany za kontynuatora osiągnięć dotychczasowego klubu.