Jeziora Największym zbiornikiem wodnym w Czarnogórze jest Jezioro Szkoderskie (Skadarsko jezero). Powstałe w wyniku procesów krasowych zajmuje dno wielkiego polja. Wiosną, gdy okalające je niziny ulegają zalewaniu, jezioro osiąga powierzchnię 530 km². Jezioro to jest kryptodepresją, co oznacza, że jego dno znajduje się poniżej poziomu morza. W Durmitorze, Bjelasicy, Prokletijach spotyka się liczne, małe jeziora polodowcowe, z których największe, Plavsko jezero, ma powierzchnię 1,99 km². Dla wykorzystania potencjału energetycznego górskich rzek, utworzono także kilka jezior zaporowych. Największe z nich, Pivsko jezero, ma powierzchnię 12,5 km².
Flora i fauna thumb|Pasmo Orjen w Górach Dynarskich W kraju występują dwie formacje roślinne. W strefie wybrzeża, gdzie panuje ciepły śródziemnomorski klimat, występuje roślinność śródziemnomorska, wśród której dominują zarośla makii. Poza makią rosną gaje oliwne oraz piniowe, a także różne gatunki palm (głównie daktylowce) i cedry libańskie. Na terenach górzystych rosną gatunki roślin charakterystycznych dla klimatu umiarkowanego. W niskich partiach gór przeważają dęby, buki i jesiony, zaś wyżej sosny i świerki, a ponad nimi powyżej 2000 m n.p.m. łąki alpejskie przechodzące w nagie skały.