Centralne Wyniesienie Kergueleńskie (C) stanowi „trzon” wyniesienia; jest to nieco głębiej zanurzona (ponad 1 km głębokości) masa skalna sąsiadująca od wschodu, podobnie jak i całe wyniesienie, z Basenem Australijsko-Antarktycznym (AA). Wrzynająca się w basen „ostroga”, oddzielająca odeń Basen Labuański (La), to Grzbiet Williama (William's Ridge), posiekany licznymi uskokami; głębokość wody osiąga nad nim miejscami ledwie 500 metrów. Pośrodku CPK leży Wyspa Heard licząca 412 km², będąca stożkiem wygasłego wulkanu o wysokości 2745 m n.p.m. Nieco na zachód od niej leżą Wyspy McDonalda o wspólnej powierzchni 2,5 km², również pochodzenia wulkanicznego, przy czym Wyspa McDonalda jest wulkanem aktywnym. Pomiędzy wyspami Kerguelen i Heard znajduje się obniżenie w powierzchni wyniesienia, stanowiące basen sedymentacyjny: Basen Kerguelen-Heard.
Południowe Wyniesienie Kergueleńskie (S) stanowi część wyniesienia najbliżej dna oceanu;