W granicach Grecji znajdują się dwa duże jeziora. Należą do nich Jezioro Prespa o powierzchni 288 km², przez jezioro przebiega granica Grecji, Albanii i Macedonii Północnej. Drugim akwenem Jezioro Dojran o powierzchni 41 km², przez jezioro przebiega granica Grecji i Macedonii Północnej. Jeziora Grecji to głównie zbiorniki pochodzenia tektonicznego, które mieszczą się w zapadliskach.
Flora thumb|240px|Drakunkulus zwyczajny na Krecie. Pierwotna śródziemnomorska szata roślinna została silnie zmieniona przez działalność gospodarczą człowieka m.in. przez wyrąb lasów, wypas zwierząt. Obecnie lasy pokrywają 20% powierzchni kraju. Na południu kraju rosną dęby, kasztany jadalne i charakterystyczne dla klimatu śródziemnomorskiego – cyprysy. Obszary na których rosły lasy są albo zajęte przez tereny rolnicze, albo przez zbiorowiska krzewiaste zwane w Grecji lóngos. W kraju rosną twardolistne formacje leśno-krzewiaste; na obszarach wilgotniejszych – makia. W rejonach suchych rośnie frygana. Wzdłuż wybrzeży tereny porasta roślinność przywieziona z Ameryki: kaktusy, opuncje, agawy. Tereny leśne skupiają się głównie w górach na północy.