6 stycznia 1543 na tej samej wysokości odkryli dziesięć niewielkich wysepek, które wydały im się tak piękne, że nazwali je „Los Jardines” (Ogrody). Zdaniem historyka Martina J. Noone’a był to prawdopodobnie atol Enewetak. Pomiędzy Enewetak i Ulithi, w sztormie jaki szalał od 6 do 23 stycznia, jeden z galeonów San Cristobal pilotowany przez Ginesa de Mafrę, członka wyprawy Magellana w latach 1519–1522, oddzielił się od flotylli, docierając do wyspy Mazaua, miejsca postoju Magellana w marcu-kwietniu 1521. Wyspa ta jest często mylnie identyfikowana z Limasawą leżącą na południe od Leyte.
29 lutego flota dotarła do zatoki Baganga Bay (nazwali ją Malaga) na wschodnich wybrzeżach Mindanao. López de Villalobos nadał Mindanao nazwę Caesaria Karoli na cześć króla Karola V, bowiem wyglądała majestatycznie. Flota stała tu przez 32 dni, a załogi cierpiały głód. 31 marca postanowiono wyruszyć na poszukiwanie wyspy Mazaua, pamiętnej z dobrego przyjęcia wyprawy Magellana, ale przeciwny wiatr z północy uniemożliwił okrętom posuwanie się naprzód. Po 10-dniowych wysiłkach żeglarze zrezygnowali i popłynęli na południe, do Sarangani. Tymczasem w pierwszym tygodniu lipca pojawił się, nie wiadomo skąd, San Cristobal wyładowany zapasami żywności z wyspy Mazaua. 4 sierpnia San Juan i San Cristobal udały się na Leyte.