Mimo, że Karol nie chciał się mieszać w wewnętrzne konflikty Romanowów, udzielił mu pewnego wsparcia. Dla bezpieczeństwa umieszczono go w twierdzy Ehrenberg w Tyrolu, a następnie przewieziono do zamku Sant’Elmo w Neapolu. Cesarz Karol szczerze współczuł Aleksemu i podejrzewał Piotra o mordercze plany względem syna. Niepokoje takie wyraził w tajnym liście do króla Wielkiej Brytanii Jerzego I, z którym się komunikował w tej delikatnej sprawie. Car Piotr postanowił jednak za wszelką cenę sprowadzić syna do Rosji. To zadanie powierzył Piotrowi Tołstojowi i jego agentom z „Tajnej Komisji” (rodzaj służby bezpieczeństwa i policji politycznej, powstały z wcześniejszej tego typu formacji o nazwie „Biuro Preobrażeńskie”). Szczegóły akcji i porwania nie są znane dokładnie, ale ostatecznie Aleksy pojawił się w Moskwie pod koniec stycznia 1718 roku. Piotr już wcześniej postanowił wydobyć od syna informacje na temat rzekomego spisku. Carewicz został postawiony przed specjalnie utworzoną Tajną Kancelarię Spraw Śledczych. 18 lutego 1718 podczas tortur zostały wymuszone na nim zeznania. Większość osób, które się z nim przyjaźniły, została poddana okrutnym mękom. Nabijano je na pal lub łamano je kołem. W trakcie tego terroru nawet matka Aleksego, która przebywała od lat w klasztorze, została z niego porwana i publicznie sądzona za cudzołóstwo.