W 1520 pod zastaw Biecza i Ciężkowic udzielił kolejnej pożyczki królowi, zostając w 1535 kasztelanem bieckim, a w 1547 kasztelanem sądeckim. Prowadził rozległe interesy w całej Europie. Był mecenasem uczonych. Utrzymywał kontakty z Erazmem z Rotterdamu. W swoim dworze w Balicach założył przepiękny ogród, sprowadzając z zagranicy ozdobne rośliny, utrzymywał też własną kapelę, którą podejmował w 1543 królową Elżbietę, a w 1553 Katarzynę w Balicach. Kierował przebudową Wawelu oraz zamku w Ogrodzieńcu i zamku w Kamieńcu. W 1534 podarował górnikom z Wieliczki zachowany do dziś róg tura ozdobiony srebrem wsparty na postaci klęczącego Herkulesa.
W 1534 obalił, wykorzystując swoje rozległe wpływy, niekorzystny dla siebie testament szwagra Jana Bethmana i przejmując niemal cały majątek rodziny Bethmanów.
Z osobą Seweryna Bonera związana jest następująca anegdota: w 1530, szukając złota, w miejscowości Ropa pod górą Chełm, znalazł olej, który zalał mu kopalnię. Drwiono z niego na dworze królewskim, z powodu oblepienia się smołą, zamiast złotem, którego poszukiwał. Określano Bonera: „ten, co to złota w Ropie szukał – smołą się opłukał”Teka A. Schneidera – Wojewódzkie Archiwum Państwowe w Krakowie – Wawel..