W przypadku izogamicznej koniugacji drabinkowej (u większości mużocji i niektórych zrostnic) do zapłodnienia dochodzi w obrębie kanału kopulacyjnego, który może potem się rozpuścić.
Koniugacja może zachodzić także między komórkami tej samej nici. Jeżeli gamety łączą się przy pomocy kanału wytworzonego przez boczne ściany komórkowe, to koniugacja boczna (heterogamiczna koniugacja boczna, np. u skrętnicy, gdy gameta męska przechodzi do komórki żeńskiej lub izogamiczna koniugacja boczna, np. u mużocji i zrostnicy, gdy w kanale łączą się obie gamety), podczas gdy w koniugacji terminalnej kanał wytwarzany jest przez poprzeczne ściany komórkowe, między sąsiadującymi komórkami (heterogamiczna koniugacja terminalna, gdy gameta męska przechodzi do gametangium żeńskiego lub izogamiczna koniugacja terminalna, gdy obydwie gamety wpełzają do kanału, który po zapłodnieniu może ulec rozpuszczeniu.
U niektórych gatunków mogą zachodzić pewne modyfikacje (np. przepełzanie gamet bez wytwarzania kanału).
Po zapłodnieniu powstaje zygota zwana tu zygosporą.