Urząd premiera objął 5 lipca 1965, jeszcze w czasie, kiedy kraj ten – jako brytyjska kolonia Basuto – przygotowywał się do odzyskania niepodległościw kwietniu 1965 odbyły się tam wybory, w których nieznaczną większość uzyskała BNP), co nastąpiło w 1966; kraj zmienił nazwę na Lesotho i przyjął ustrój monarchii parlamentarnej. Od początku istnienia tego państwa jego król pełnił jedynie rolę reprezentacyjną, a rzeczywista władza znajdowała się w rękach premiera. Kiedy zatem w pierwszych wyborach po uzyskaniu niepodległości, rozpisanych na styczeń 1970, BNP uzyskała tylko 23 miejsca w parlamencie wobec 36 uzyskanych przez opozycyjną lewicową Partię Kongresową Basotho, kontrolujący cały aparat państwowy L. Jonathan unieważnił wybory, zawiesił konstytucję, wprowadził stan wyjątkowy, aresztował czołowych polityków opozycji, a króla Moshoeshoe II zmusił do kilkumiesięcznej emigracjiMoshoeshoe II wrócił na tron w listopadzie tego samego roku, nadal jednak pełniąc w królestwie rolę tylko reprezentacyjną.