W początkach roku 1564, z poręczenia Andrésa de Urdanety i na polecenie wicekróla Nowej Hiszpanii Luisa de Velasco, stanął na czele przygotowywanej właśnie ekspedycji na Pacyfik dla odnalezienia Filipin, gdzie dotarli w latach 1521 i 1543 wcześniejsi odkrywcy Ferdynand Magellan i Ruy López de Villalobos. Wyprawa została podjęta na rozkaz króla Hiszpanii Filipa II, od imienia którego wyspy wzięły następnie swą nazwę. Wicekról zmarł w lipcu tegoż roku, ale Legazpi ukończył przygotowania i wczesnym rankiem 21 listopada armada złożona z pięciu okrętów, na pokładach których znajdowało się 500 żołnierzy, wypłynęła z portu Barra de Navidad w dzisiejszym stanie Jalisco w Meksyku.
Na Filipinach Okręty Lópeza de Legazpi żeglowały przez ocean 93 dni. Na początku roku 1565 zatrzymali się na Marianach, gdzie uzupełnili zapasy, staczając przy tym bitwę z krajowcami i zostawiając za sobą dwie spalone wioski.
Oddział Legazpiego dotarł do archipelagu filipińskiego i 13 lutego 1565 lądował na plażach wyspy Cebu. Po krótkim starciu z krajowcami udał się na sąsiednie wyspy Leyte i Camiguin. 16 marca okręty dotarły do wyspy Bohol. Po dowiedzeniu, że nie są Portugalczykami ludzie Legazpi’ego otrzymali od krajowców znaczną ilość przypraw korzennych.