Od grudnia 1916 do lipca 1917 przebywał na kursie oficerskim, po odmowie złożenia przysięgi na wierność obcym monarchom opuścił szeregi wojska (w miesiącach od lipca do grudnia 1917 był internowany w Szczypiornie) i podjął pracę konspiracyjną w Polskiej Organizacji Wojskowej. W listopadzie 1918 zameldował się w odtworzonym 5 pułku piechoty Legionów i jako dowódca plutonu 4 kompanii walczył w obronie Przemyśla, a następnie ruszył na odsiecz Lwowa. W 1919 został wyznaczony do kadry 1 Dywizji Piechoty Legionów formującej się w Komorowie. Następnie w stopniu podporucznika jako dowódca 5 kompanii brał udział w walkach o Lidę i w zdobyciu Wilna, brał także udział w wyprawie kijowskiej. thumb|left|D-ca baonu KOP „Troki” ppłk Kazimierz Bąbiński i płatnik – por. kanc. Stanisław Zalfresso-Jundziłło; Troki 1934 thumb|Ppłk Kazimierz Bąbiński wręcza nagrody po zawodach sportowych w baonie KOP „Troki” W sierpniu 1920 został adiutantem dowódcy II batalionu 5 pp Leg., mjr. Wincentego Kowalskiego. Brał udział w bitwie o Białystok i bitwie nad Niemnem.