W 1946 wyjechał ze Lwowa do Wrocławia, gdzie podjął pracę na tamtejszym uniwersytecie. W 1946 urodził jego syn Jan Marek. W 1947 przeniósł się na Uniwersytet Marii Curie-Skłodowskiej w Lublinie (Wydział Farmaceutyczny oraz Wydział Rolny). Wskutek zmian organizacyjnych przez krótki okres pracował na Akademii Medycznej i Akademii Rolniczej. W 1949 urodziła się jego córka Aniela Jadwiga Matuszkiewicz. W 1952 przeszedł na Uniwersytet Warszawski, zajmował się rozwijaniem Białowieskiej Stacji Geobotanicznej Uniwersytetu Warszawskiego w Białowieży. Na początku 1953 przeprowadził się z rodziną do Milanówka. Wieloletni wykładowca na Uniwersytecie Warszawskim. W latach 1953–1979 kierownik Zakładu Fitosocjologii i Ekologii Roślin, a w latach 1969–1972 dyrektor Instytutu Botaniki Uniwersytetu Warszawskiego. Od 1980 do przejścia na emeryturę był kierownikiem Zakładu Biogeografii w Instytucie Geografii i Przestrzennego Zagospodarowania im. S.