Współautor reformy systemu emerytalnego w Polsce, pierwszy dyrektor biura pełnomocnika rządu do spraw reformy systemu zabezpieczenia społecznego w Polsce (1996–1997).
Przed rozpoczęciem pracy w Banku Światowym w 1990 roku Rutkowski był adiunktem w Katedrze Polityki Gospodarczej Szkoły Głównej Handlowej. Prowadził też badania naukowe nad ekonomią pracy, makroekonomią, edukacją, wzrostem i produktywnością w Centre for Labour Economics i Centre for Economic Performance w London School of Economics w Londynie. Jako członek sekretariatu Konsultacyjnej Rady Gospodarczej zajmował się też wczesnymi analizami i doradztwem w zakresie transformacji społeczno-gospodarczej w Polsce i jej konsekwencji dla rynku pracy, zatrudnienia i zabezpieczenia społecznego. Realizował też swoje interdyscyplinarne zainteresowania jako członek założyciel i przewodniczący Koła Młodych przy Polskim Towarzystwie Współpracy z Klubem Rzymskim i aktywny uczestnik działań Brytyjskiego Oddziału Klubu Rzymskiego.