Po kilku dniach okręty polskie powróciły do Wisłoujścia, przedzierając się przez linie szwedzkiej blokady Zatoki Gdańskiej.
„Arka Noego”, pod dowództwem Magnusa Wesmana, weszła następnie w skład drugiej eskadry okrętów polskich, która wzięła udział w zwycięskiej bitwie z eskadrą szwedzką pod Oliwą 28 listopada 1627 roku. Okręt nie odegrał w bitwie większej roli; uczestniczył w nieudanej próbie pogoni za wycofującymi się Szwedami.
2 grudnia 1627 „Arka Noego” została wysłana w rejs rozpoznawczy w składzie czterookrętowej eskadry (ponadto: „Panna Wodna”, „Żółty Lew” i „Latający Jeleń”). Z rozpoznania powróciła 11 grudnia, uszkodzona przez sztorm, który rozproszył eskadrę. Podczas ataku szwedzkich wojsk na polskie okręty u ujścia Wisły koło Twierdzy Wisłoujście z 5 na 6 lipca 1628 roku, „Arka Noego” została wycofana w górę rzeki.