Po okresie sukcesów nadszedł dla klubu trudny okres, w którym drużyna zajmowała przeważnie pozycje w dolnych częściach ligowej tabeli, rzadko włączając się do walki o tytuł. Klub aż przez 34 sezony nie zdobył żadnego krajowego trofeum. W 1969 roku Bohemians przestał być klubem ściśle amatorskim. Pierwszym graczem, który podpisał zawodowy kontrakt z Bohemians był Tony O’Connell, który zawarł z klubem umowę 11 marca 1969 roku.
W latach 70. doszło do nowej fali sukcesów. Klub zdobył w tym okresie dwa tytuły mistrza Irlandii oraz dwa Puchary Ligi. W 1970 roku klub zadebiutował w europejskich pucharach, odpadając już w kwalifikacjach Pucharu Zdobywców Pucharów. Po zdobyciu Pucharu LIgi w 1979 roku klub wszedł w drugi okres bez żadnych sukcesów, który trwał do 1992 roku, kiedy to Bohemian zdobył Puchar Irlandii. W 2001 roku Bohemians został mistrzem Irlandii po raz ósmy, w roku 2003 – po raz dziewiąty, a w sezonie 2008 – po raz 10.