Po rocznym pobycie na Śląsku Bączkowski powrócił do Kościana i działalności duszpasterskiej tamże. Niezmiennie pozostawał w konflikcie z proboszczem, na którego pracę duszpasterską skarżył się w pismach do kurii (w 1886 zarzucał, że „w ciągu 10 lat panowania w Kościanie Brenk udzielił tylko jednego chrztu, jednego ślubu i odprawił tylko jeden pogrzeb”). Sytuacja w Kościanie stała się przedmiotem interpelacji koła polskiego w sejmie pruskim, głos zabierał m.in. ks. Florian Stablewski, przyszły arcybiskup.

Jeszcze w okresie Kulturkampfu Bączkowski otrzymał nominację na proboszcza w miejsce Brenka, ale objąć parafię mógł dopiero w lipcu 1889, kiedy poprzednik wyjechał z Kościana, zaopatrzony w rządową emeryturę. Jako nowy gospodarz parafii przystąpił w 1892 do odnowienia fary kościańskiej (prace, obejmujące rekonstrukcję sklepień i przebudowę filarów, zakończyły się już po śmierci Bączkowskiego). W 1873 brał udział w tworzeniu Towarzystwa Przemysłowego w Kościanie. Zasiadał też w radzie nadzorczej miejscowego Banku Ludowego.

Zmarł w marcu 1894 i pochowany został w Kościanie, nagrobek opatrzono napisem „Szermierz w walce kulturnej”.