Przez następną dekadę Ishii mniej reżyserował, nakręcił między innymi teledysk do utworu Einsturzende Neubauten Halber Mensch. W 1994 Ishii powrócił pełnometrażowym , o psycholog usiłującej wpaść na trop mordercy zabijającego co poniedziałek o godzinie 18 młode kobiety na stacji kolejki miejskiej Yamanote.
W 1995 Ishii nakręcił , o nastolatce, która w wyniku wypadku uzyskuje nadprzyrodzoną moc, i wykorzystuje ją, aby lepiej poznać cel swojego życia. W podobnym stylu był z 1996, w którym konduktorka autobusu odkrywa, że kierowca może być seryjnym mordercą.
W 2000 do kin trafił , samurajski epos łączący charakterystyczny, "hiperkinetyczny" styl filmowania Ishii'ego (przemoc, niespokojna kamera, szybki montaż) z nowym stylem w jego twórczości, bardziej statycznym i kontemplacyjnym. Efektowny obraz odmiennie potraktował legendę o mnichu-wojowniku (sōhei) Saitō Musashibō Benkei i Yoshitsune Minamoto, każąc im być śmiertelnymi wrogami ścierającymi się na moście w Kioto zwanym Gojō. Opinie na temat filmu w Japonii były podzielone.