Był najstarszym duchownym katolickim, który przeżył okres prześladowań.
W 1990 podjął ponownie pracę w parafii szkoderskiej; w styczniu 1992 roku został mianowany honorowym prałatem papieskim. Na konsystorzu, odbywającym się 28 listopada 1994 roku, został mianowany kardynałem przez papieża Jana Pawła II z tytułem kardynała diakona Ognissanti in Via Appia Nuova; ze względu na podeszły wiek zwolniony został z przyjęcia sakry biskupiej. Był pierwszym Albańczykiem, który w czasach nowożytnych został kardynałem. Po wypadku, któremu uległ w 1995 roku nie powrócił już do zdrowia. 25 grudnia 1996 roku, prezydent Sali Berisha przyjechał do jego domu, aby leżącego na łożu śmierci Koliqiego udekorować odznaczeniem Nderi i Kombit (Honor Narodu).
Zmarł w styczniu 1997 i został pochowany w krypcie archikatedry szkoderskiej.
Działalność artystyczna Koliqi był kompozytorem-samoukiem. Napisał muzykę do trzech dramatów Dom Ndre Zadei. Najsłynniejszy z tych poematów muzycznych Rozafa miał uroczystą premierę 26 kwietnia 1936 roku w teatrze jezuickim w Szkodrze.